Der Kommandant Cuxhaven war der Oberbefehlshaber sämtlicher militärischer Kräfte in diesem Abschnitt, die Dienststelle wurde im August 1939 aufgestellt. Die Abschnittsgrenze war im Westen die Linie Spieka - Bederkesa, im Süden der Geeste-Elb-Kanal, die Mittelrinne der Elbe einschließlich Medemsand und großer Vogelsand. Dazu gehörten ferner die Inseln Neuwerk und Scharhörn, und der Große Knechtsand. Der Kommandant im Abschnitt Cuxhaven unterstand dem Küstenbefehlshaber Nordfriesland direkt, ab Februar 1941 dem Küstenbefehlshaber Deutsche Bucht. Von November 1944 an, unterstand der Abschnittskommandant Cuxhaven dem Kommandanten der Seeverteidigung Elbe-Weser.
Der Abschnittskommandeur führte das entsprechende Kriegstagebuch des Abschnitts, worin sämtliche militärischen Vorgänge, Operationen, Gefechtstätigkeiten, und militärische Auf- Umbauten in den Einheiten erwähnt wurden.

• August 1939 Fregattenkapitän Zollenkopf
• Dezember 1939 Kapitän zur See Mollmann
• April 1940 Korvettenkapitän Michael
• Oktober 1940 Die Geschäfte wurden vom Chef des Stabes des Küstenbefehlshabers Nordfriesland, Fregattenkapitän Werner Peters wahrgenommen.
• Februar 1941 Konteradmiral Wilhelm Rümann
• Mai 1941 Korvettenkapitän Prinz von Hohenzollern-Emden (i.V.)
• Juni 1942 Konteradmiral Wilhelm Rümann
• September 1942 Korvettenkapitän Prinz von Hohenzollern-Emden
• April 1944 Korvettenkapitän Pfülf
• Oktober 1944 Kapitän zur See Herbert Sorge

Abschlussberichte des Kommandanten im Abschnitt Cuxhaven aus den Kriegstagebüchern